Die durch Alter, Feuer und Umwelteinflüsse nahezu schwarze Außenfassade des Gebäudes wurde in mühevoller Kleinarbeit gereinigt, der originale warme Ton des Sandsteins soweit wie möglich wieder hergestellt. Danach wurden das zweite und das dritte Obergeschoss hergerichtet und u.a. mit neuen Fenstern und Türen versehen. Gleichzeitig wurde auf das Dach des Gebäudes ein viertes Obergeschoss aufgesetzt, das so weit hinter die steinernen Balustraden zurückspringt, dass es von unten kaum sichtbar ist. Die Versorgungseinrichtungen (Heizung/Lüftung/Elektroinstallationen) wurden vollständig erneuert.
In den historischen Räumen (dem Festsaal sowie dem Speisesaal der ehemaligen Präsidentenwohnung, die jetzt als Versammlungsraum bzw. als Konferenzraum dienen, dem Kaminzimmer als dem jetzigen Arbeitszimmer des Präsidenten des Bundesverwaltungsgerichts, dem Großen Sitzungssaal und mehreren Sitzungssälen) wurde zunächst die historische Substanz (Türen, Decken, Wandverkleidungen, Stuck und Malerei) gesichert und erforderlichenfalls zur weiteren Werkstattbearbeitung demontiert. Die mit großer Sorgfalt ausgeführten Restaurierungsarbeiten zogen sich von Mitte 1998 bis Oktober 2001 hin.
Den Abschluss der Bauarbeiten bildeten die Restaurierung und der Ausbau der Eingangshalle einschließlich der Treppenanlage, die Ergänzung des reichen figürlichen Schmucks sowie die Herrichtung der Außenanlagen. Im Eingangsbereich war der Einbau einer Pförtnerloge mit Sicherheitsschleuse und Windfang unumgänglich. Der Beendigung der Baumaßnahmen folgte eine mehrmonatige Testphase, in der das Funktionieren der umfangreichen technischen Einrichtungen unter realitätsnahen Bedingungen geprüft wurde.